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Ya está el listo que todo lo sabe

A veces leemos libros que son muy densos y a veces queremos libros ligeros que nos rellenen huecos, que aunque leamos sólo cinco minutos no vayamos a perder el hilo de lo que estábamos leyendo. El libro que os recomiendo hoy cumple la segunda tarea. Ya está el listo que todo lo sabe es un libro lleno de curiosidades, concretamente, una para cada día del año, aunque he de reconocer que yo al final me lo leí casi del tirón.

Recuerdos de EGB…

Aunque tenemos curiosidades científicas por el medio, la mezcla es de todo tipo. Muchas históricas y muchas, las que a mi más me han llamado la atención, explicando nuestro propio lenguaje, porque pocas veces sabemos de dónde vienen expresiones que utilizamos todos los días.

Ahora que mucha gente empieza a volver a su rutina, es una buena forma de ir retomando el hábito de la lectura, si es que se abandonó al estar en casa (cosa que espero que no). Si queréis leerlo y ayudarme a mi a leer más, lo podéis encontrar aquí: Ya está el listo que todo lo sabe.

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Brexit de fagos

Hoy os traigo la historia publicada en un artículo hace poquito, que tiene que ver con mis queridos fagos, concretamente con T7, que es el fago que inspiró el logo de Bacteriófagos. La historia es una historia de supervivencia y que además, tiene su puntillo interesante porque todo empieza dándose cuenta de una pifia en un trabajo previo. ¡Menos mal que revisaron los resultados!

BREX y los fagos

Hace unos años se descubrió un nuevo sistema que tienen las bacterias para evitar ser atacadas por los fagos. Existen muchas formas de evitar la infección, pero cada poco se descubre una nueva. La forma más conocida de evitar el ataque es mediante lo que se conoce como sistemas de restricción-modificación (R-M). Es un sistema en dos pasos, en el que primero se modifica el ADN de la bacteria (para marcarlo y protegerlo) y después se corta (mediante enzimas de restricción) todo aquello que no esté modificado. Así, la bacteria puede eliminar el ADN de los fagos por eliminación, independientemente de la secuencia que tenga.

Otro de los sistemas bien conocidos y ahora muy famoso es CRISPR. CRISPR tiene “memoria”, recordando cachitos de fagos que infectaron a los antepasados de la bacteria. Así, si llega un fago que tiene una secuencia igual a ese cachito en la base de datos, se corta. En este caso depende de la secuencia y es muy específico.

Por último tenemos BREX, que se llama así por EXclusión de BacteRiófagos (pero en inglés, claro). En sí, para cuando se le dio el nombre ya se conocía un sistema de este tipo, pero en BREX se incluyen otros similares que comparten una serie de características. Actúa en dos pasos como los R-M. El primer paso es también una modificación de una secuencia en el genoma de la bacteria para “protegerla”, pero el segundo paso no se sabe todavía cual es, porque nadie ha demostrado todavía si se corta el ADN del fago o si lo que pasa es que se inhibe su copia en la célula. Lo que sabemos es que hay varias proteínas implicadas y ninguna “tiene pinta” de cortar ADN.

Los fagos, por su parte, contraatacan para defenderse. Aquellos fagos que por azar generan algo que les permita sobrevivir a estos sistemas de protección, van a poder reproducirse mejor. En eso se basa la evolución, ¿verdad?

T7, que es uno de nuestros fagos modelo, cuando infecta una célula lo primero que hace es protegerse. Las primeras proteínas del fago que se generan en la célula tienen esa función. Para darle nombre a las proteínas del fago los científicos simplemente las han numerado por orden de entrada, aunque con el paso de los años se han descubierto cosas nuevas y en lugar de renumerar, se han ido añadiendo decimales. La proteína que nos interesa ahora es la codificada en el gen 0.3, que a veces se conoce como gp0.3 (gp= gen product). Para que nos ubiquemos, las patitas que a mi tanto me gustan, están formadas por la proteína gp17, que está casi al final del genoma del fago (porque es de lo último que hace falta).

La proteína 0.3 tiene otro nombre mucho más descriptivo: Ocr, que se refiere a overcome classical restriction. Cuando se empezó a estudiar, se descubrió que era una secuencia corta y que dos copias se unían entre ellas plegándose como el ADN. Así, ese dímero (las dos copias), parecían ADN y se podían unir en el sitio en el que éste se uniría, bloqueando así el corte. En resumen, si las enzimas de restricción tenían un hueco al que se iba a unir el ADN y cortarlo, estas proteínas Ocr lo tapaban, para que no hubiese daño al fago.

El error que abre una nueva vía de investigación

El grupo que investigó el BREX hace un tiempo dijo, en su primer artículo, que las células de E. coli estaban protegidas contra el ataque del fago T7. Entiéndase células de E. coli de las que andan por ahí, no las de laboratorio. ¿El problema? Que al avanzar sus trabajos se dieron cuenta que no siempre era así. Ellos creían haber utilizado un fago T7 wild-type (natural, silvestre, sin modificar), pero según fueron haciendo más experimentos se dieron cuenta de que algo se les había escapado.

Aunque ellos habían partido de un fago silvestre, cuando los tienes en el laboratorio tienden a mutar. Una mutación bien estudiada (porque pasa mucho) es la eliminación de un pequeño fragmento del genoma, muy al principio… que afecta a la proteína Ocr. Concretamente, lo que se cree que pasa es que al hacer las copias del genoma, como hay dos secuencias iguales más o menos juntas, la polimerasa que está copiando se “desliza” y no copia el trozo que hay en medio. Esto en la naturaleza podría ser un problema, pero en el laboratorio hace que los fagos crezcan mejor, así que la mutación se extiende muy rápido… que es lo que les pasó a ellos.

Al revisar todos sus resultados, se dieron cuenta que cuando el fago T7 era realmente el original, sí podía sobrevivir en las células con BREX, así que la protección tenía que estar en ese cachito que les faltaba. Analizando lo que había ahí, tenía que ser por la proteína Ocr. Para demostrarlo, crearon fagos a los que sólo les faltaba esa proteína y, efectivamente, era la que protegía.

¿Puede algo tan pequeño salvar la “vida” de un fago?

Aunque pueda parecer que comparar fagos con proteína y sin proteína ya es suficiente para saber que ésa es la culpable, correlación no implica causalidad, y podría haber otros factores implicados. Una alternativa común para confirmar ese resultado es utilizar los fagos sin ella (que son sensibles a BREX) y añadir la proteína externamente. Como eso funcionó, sabían que no era porque se alterasen otras cosas en el fago. Además, para ver que era un sistema universal, probaron a añadirla también con otros fagos, para comprobar que también quedaban protegidos. Y por todavía no quedaba del todo claro, probaron también una versión mutada de la proteína que la hace menos eficaz y, efectivamente, la protección era parcial. Ya tenían suficientes pruebas de que Ocr protegía a los fagos del “ataque” de BREX, pero… ¿exactamente de qué?

Vamos a pescar

Cuando queremos saber qué proteína interacciona con qué, nos vamos de pesca. Lo que hacemos es marcar una proteína con algo de lo que podamos tirar. Para mantener el símil, enganchamos nuestra proteína a la caña. Después la lanzamos y, cuando creamos que si algo se iba a enganchar ya se habrá enganchado, tiramos a ver qué sale. Estos investigadores hicieron justamente eso, tirar a ver qué venía con la proteína Ocr cuando estaba dentro de las células.

De forma poco sorprendente, lo que salió fue BrxX, que es la proteína que modifica el ADN de la célula para protegerlo, una metiltransferasa (añade metilos al ADN). Eso hace pensar que, como Ocr se mimetiza como si fuese ADN, lo que hace es unirse y bloquear. Como la célula ya no puede proteger su propio ADN para diferenciarlo del del fago, ya no sabe qué es propio y qué es ajeno. En principio esto debería provocar la muerte de la célula (porque identificaría su propio ADN como ajeno), pero como no ocurre, los investigadores asumen que probablemente haya algo más que se nos escape.

Conclusiones

Hoy os he hablado de una pequeña proteína de un pequeño fago que se ocupa de que ese fago pueda reproducirse sin problemas. Como véis, es una historia que todavía necesita más capítulos, porque todavía no sabemos ni cómo actúa BREX exactamente ni cómo hace Ocr exactamente para protegerlos. Además, esto es una lucha en la que la pelota se pasa de un lado a otro, y las bacterias van a devolver la pelota, desarrollando un nuevo sistema para evitar el bloqueo de Ocr. Es posible (y probable) que eso haya ocurrido, pero todavía nadie lo ha descubierto. Si T7 fue uno de los primeros fagos descubiertos, tiene poquitos genes, y todavía estamos ahora descubriendo qué hacen algunas de esas proteínas… no os imagináis lo que nos queda por descubrir en las bacterias.

Yo he comentado sólo algunos de los puntos clave del artículo, pero si queréis todos los detalles, aquí tenéis el enlace: Phage T7 DNA mimic protein Ocr is a potent inhibitor of BREX defence

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Érase una vez… el nacimiento

En el capítulo 2 de Érase una vez la vida entran directamente al tema que era desconocido para muchos niños de los 80 en España. Eso sí, lo hacen con una perspectiva mucho más idílica que la que tuvimos pocos años después todos los niños gallegos en nuestra primera visita a la Domus (nunca olvidaré las caras blancas del susto de algunos de mis compañeros de clase).

Aunque dicen que van a hablar del nacimiento, realmente el capítulo se centra en la gestación. Al comenzar el capítulo se vuelve a hacer el repaso de cómo llegamos a ser humanos, con una voz en off que me hace pensar que la historia tiene demasiadas pinceladas creacionistas, pero eso se me olvidó rápido, porque mis ojos se centraron pronto en que los humanos desnudos no tienen pelo. Es decir, en la cabeza sí, pero en el resto del cuerpo no. Y de un abrazo, pasamos directamente a la carrera de los espermatozoides (ahí seguíamos los niños de los 80 sin enterarnos de qué iba la historia…).

La representación de los espermatozoides me dejó fascinada. Son como robots que van hacia su destino y se encuentran un montón de dificultades por el camino, que se quedan atrapados, que se cansan… pobrecillos. Pero mientras mi fascinación iba en aumento entramos en un momento WTF de libro: los espermatozoides usan rayos láser para acceder al óvulo y cuando uno consigue entrar la puerta secreta desaparece (que se lo digan a los que tienen trillizos…).

Una vez dentro del óvulo el espermatozoide pierde el aspecto de robot, y ya es una célula normal, que se fusiona para que sus cromosomas se junten con los del óvulo y «bailen». Me ha parecido muy bonita la metáfora bailar=recombinar. Rápidamente pasamos a las primeras divisiones celulares hasta que el embrión se implanta y se va formando la placenta para poder alimentarlo.

El resto del capítulo se va a centrar principalmente en la división y especialización celular. Nos enseñan la mitosis, la división de las células, y en el proceso de duplicado del material genético también nos enseñan cómo un nucleótido intenta pegarse donde no es para provocar un «accidente genético», pero ahí mi cabeza está a punto de estallar… se están uniendo en cualquier sitio! Eso es un error garrafal que habría sido muy fácil enseñar correctamente, porque se van uniendo en orden, y siempre haría falta un obrero (enzima) que lo pone en su lugar, nada de ir a su bola todos.

En medio de este proceso aparece de nuevo el Maestro, que me mantiene muy confundida porque sigo sin tener claro qué representa exactamente, aunque por primera vez creo entender que su centro de operaciones es el nucléolo (seguiremos informando en próximos capítulos si me entero de más).

Respecto al desarrollo del feto, podemos ver cómo las células especializadas van por diferentes plataformas a su destino. Nos enseñan cómo se forma el iris, nos enseñan que en algunas ocasiones es necesario «abrir paso» a células para que lleguen a su destino y nos enseñan, no tengo muy claro por qué, los osteocitos como vaqueros (si alguien sabe por qué las células que van a formar los huesos se asocian con los vaqueros, que me lo explique por favor). Según los tejidos se van formando, hace falta alimento, que entra por los transportadores de membrana como ya habíamos visto en el capítulo anterior.

En una de las escenas, vemos cómo se forman las proteínas. Esta vez se aclara que el ARN mensajero lleva U y no T (vaya, por fin), pero seguimos sin tener ribosomas en condiciones. Cuando se ha formado una proteína nueva la enseñan con el aspecto de una bola de grasa (no se me ocurre otra forma de definirlo), pero después se transforman en una especie de hombrecillos. Este cambio quiero interpretarlo (porque tengo mucha imaginación) como el proceso en el que se producen modificaciones después de la traducción.

Nos acercamos al final, vemos cómo por el cordón umbilical se llevan nutrientes al feto. Un cordón umbilical que de forma muy acertada se ha representado como una autopista de nutrientes. Las últimas etapas del crecimiento van muy rápido y llegamos al momento temido: el parto.

Creo que todavía no he superado la sorpresa de la escena, porque la esperaba light pero no tanto. Lo que vemos es un niño que repta para salir. Sí, va gateando. De repente saca la cabeza (aunque creo que a ojos de un niño pequeño no queda claro cómo ni por dónde) y tiran de la cabeza para sacar al niño al que le dan sus golpes para que llore y ya. Eso sí, en el momento de parir se oye un gemido. Un gemido. Uno. A ver, que vale que no hay que traumatizar a los niños… pero tampoco había que hacerlos idiotas.

Aunque creo que la parte central del capítulo está bastante bien explicada, me ha decepcionado mucho el principio y el final, porque ni se enseña que el sexo existe ni se enseña qué es parir. Pero bueno, esto se hizo cuando se hizo, y los niños de los 80 teníamos suerte si sabíamos lo que se enseñaba aquí y no que los niños venían de París.

Ahora a ver qué me toca la semana que viene, porque desde luego, no creo que haya otros temas igual de sensibles, así que espero que para el resto sean mucho más concretos.

Antes de que te distraigas con el video en Youtube que está a continuación, recuerda que además de escribir cosas aquí (cuyo mantenimiento cuesta), tengo mis podcasts, mi newsletter, leo muchos libros y por lo que se ve, comento series divulgativas. Si quieres ayudarme a financiar todas las cosas que pago para poder seguir adelante, puedes hacerlo invitándome a un café en el siguiente enlace. Haz click en el botón!

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Ojo a la intro creacionista…

La dificultad de una vida doble

Las últimas semanas me están resultado tremendamente complicadas. Durante el tiempo del confinamiento suizo, yo había adquirido una rutina que me funcionaba, y me sentía capaz de todo, y en mi cabeza aparecieron muchos planes y muchas ideas que quería llevar a cabo. Y entonces llegó el desconfinamiento. Como hace ya tiempo que no cuento cómo va la historia, aquí os cuento cómo avanza la situación.

En Suiza hemos vuelto ya casi a la vida completamente normal. Poco a poco fueron abriendo las tiendas, los restaurantes, los bares… y ahora también las instalaciones deportivas que, en lo que a mi me afecta, hace que todo esté abierto (aunque quedan cuatro cosas limitadas). En general en la calle la vida se ve normal: los bares están llenos y la gente va sin mascarillas, aunque en las tiendas hay aforo controlado, lo que hace que se formen largas colas para comprar todo lo que no se compró en los meses anteriores aprovechando unas rebajas que en muchos casos llegan al 50%.

En el trabajo la situación está lejos de ser normal, porque allí sí tenemos muchas limitaciones al movimiento y a eso de juntarnos, con un estricto control de turnos, un seguimiento de quién está dónde y cuándo y una política antisocialización, porque ni siquiera manteniendo distancias nos dejan comer juntos.

¿Y dónde quedan todos mis otros planes? Pues en los huecos. Ya que en el laboratorio tengo que sacar adelante un proyecto nuevo, el resto se encaja en el tiempo en el que no estoy en el laboratorio. Así poco a poco supongo que muchos os habréis dado cuenta de lo que se ha convertido en el nuevo horario de mi vida paralela, pero si no es así, os resumo lo que hago además de mi trabajo de postdoc:

  • Cada lunes aquí se publica un post sobre un libro que haya leído recientemente
  • Cada jueves comento aquí un capítulo de Érase una vez la vida
  • Cada domingo publico el texto de una newsletter premium previa (habiéndola dejado de acceso exclusivo para suscriptores durante un tiempo)
  • Cada dos semanas, el martes sale un nuevo capítulo de Bacteriófagos
  • El último miércoles de cada mes sale un nuevo capítulo de Cum Laude
  • Los sábados sale Qarentena, aunque puede que pronto cambie su frecuencia
  • Todos los miércoles sale la newsletter gratuita con enlaces científicos
  • Todos los sábados sale la newsletter para suscriptores
  • Además tengo otra cosilla por ahí en el tintero, que todavía no puedo contar

Y pese a todo esto, me sigue quedando tiempo para vivir y tengo tiempo para pensar en más cosas. Al final va a ser cierto que si una se organiza bien, si piensa todo bien y dedica el tiempo a lo que lo tiene que dedicar en lugar de mirar al aire, las cosas van saliendo adelante, que de mirar al aire no se vive (vale, la inmensa mayoría de la lista tampoco ayuda a comer…). Ojalá pronto pueda ir añadiendo más y más cosas a esa lista (que tiempo queda) y ojalá vayan dando para al menos, pagarme los snacks.

Los hábitos que nos hacen lo que somos

Esta semana no os traigo un libro… traigo dos! Durante el confinamiento me estuve replanteando muchas cosas de mi vida y afianzando ideas y planes de futuro. Hoy no voy a comentar los libros, simplemente os voy a contar qué me llevó a leerlos por si alguno se encuentra en una situación similar a la mía.

Desde hace un tiempo estoy trabajando en un plan, que poco a poco va tomando forma. El problema es que el día tiene 24 horas y yo, oficialmente, trabajo 8.5 horas cada día. Si tenemos en cuenta que también hay que dormir, no me queda mucho tiempo disponible. Pero especialmente en periodo de confinamiento y ahora de des-confinamiento las cosas han ido cambiando mucho, y he tenido mucha más libertad, lo que me ha permitido centrarme un poco más en mi plan y dedicar tiempo a darle forma. Uno de los problemas con los que me he encontrado es con la falta de hábitos.

Todos tenemos hábitos en nuestra vida, porque hay cosas que hacemos todos los días sin pensarlas, pero cuando queremos implementar uno nuevo puede ser muy complicado. El caso es que para que mi plan sea exitoso, necesito mucha disciplina y priorizar lo que es prioritario correctamente. Aunque muchos pensarán que yo ya soy un gurú en esto de la productividad, la verdad es que mi sistema tiene un problema muy grave: en mi trabajo no soy yo la que establece las prioridades y, para mi desgracia, mi plan se suele desmoronar cada dos por tres por acciones externas. Por eso tengo que centrarme ahora en tomar YO el control, porque hay una prioridad clara y una serie de prioridades secundarias que deberían estar por encima del resto.

Aunque yo pudiese pensar todo esto, la verdad es que me sentía más perdida que un pulpo en un garaje, así que necesitaba de alguna forma buscar un punto de partida que me motivase. No buscaba en ningún momento un plan o una solución a todos mis problemas, porque yo más o menos sé lo que tengo que hacer para esto específico que quiero hacer… pero necesitaba buscar ayuda para implantarlo en mi rutina diaria. Con ese empujón, yo ya me busco la vida para organizar mi lista de tareas, mis huecos en el día, qué hacer todos los días, qué programar y demás historias. Por eso leí estos dos libros que, aunque me han dicho cosas que eran muy obvias y cosas que a ratos rozaban la autoayuda de gurú pseudocientífico, me han ayudado a buscar ese empuje de motivación. Por eso, si alguno de los que me leéis os encontráis en una situación similar, quizá queráis darles una oportunidad:

Los siete hábitos de la gente altamente efectiva

El poder de los hábitos: Por qué hacemos lo que hacemos en la vida y en el trabajo

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