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Primer ensayo de vacuna publicado

El 22 de mayo se publicaron en The Lancet los resultados de fase I de uno de los ensayos clínicos de una vacuna candidata contra el SARS-CoV-2. En estos momentos hay multitud de ensayos en curso y en varios casos se han comunicado resultados preliminares, pero éstos son los primeros que lo hacen en forma de artículo científico que nos permite analizar qué y cómo se ha hecho, aunque los detalles del ensayo aparecen en la descripción del registro del propio ensayo.

¿Tendremos pronto pinchazo?

La vacuna desarrollada por la empresa china CanSino es una vacuna recombinante que utiliza como vector Ad5, un adenovirus humano que en su forma natural causa resfriados. Este virus ha sido modificado para generar la vacuna perdiendo la capacidad de provocar el resfriado y añadiéndole las espinas del SARS-CoV-2, que están codificadas en la proteína S (S=spike=espina).

La fase I de un ensayo clínico se realiza para analizar la seguridad de, en este caso, la vacuna. Pese a que ese es su objetivo, en muchos casos se pueden obtener algunos datos preliminares de su eficacia. Para el planteamiento, los investigadores trabajaron con una muestra no randomizada, de forma que a los primeros voluntarios reclutados se les inyectó la dosis más baja del virus recombinante y, tras asegurarse de que no suponía un problema, al siguiente grupo se le duplicó la dosis, que volvió a subir para un tercer grupo. En total, se comprobó la seguridad de la vacuna en 108 individuos sanos que tienen entre 18 y 60 años, dejando fuera a aquellos más jóvenes (que sabemos que no presentan sintomatología habitualmente) o mayores (por seguridad).

Para la valoración de los efectos adversos (lo que comunmente llamamos efectos secundarios) se registraron las reacciones posibles durante los primeros siete días tras la inyección, aunque posteriormente se hizo un seguimiento hasta 28 días antes de confirmar esos resultados y publicarlos. Para el registro, se pidió a los voluntarios que anotasen lo que sentían, pero también se hicieron pruebas para aquellos síntomas que se pueden medir objetivamente (como la fiebre). Algunos de los participantes sí mostraron efectos secundarios, pero todos ellos fueron leves, sin suponer un riesgo: fiebre, fatiga, dolor de cabeza o muscular… síntomas que asociamos también a otras vacunas. Sí hay que tener en cuenta que varios tuvieron bastante fiebre y, en el caso del grupo con una dosis mayor, los síntomas eran más agudos.

Una vez demostrada la seguridad de la vacuna se continuó el análisis para ver si se había desarrollado “inmunidad”. Se detectó la presencia de anticuerpos que llegaban al pico a los 28 días (que fue cuando terminó la recogida de datos) y también se comprobó la eficacia mediante ensayos de neutralización, que permiten analizar si se puede eliminar el virus de forma eficaz, obteniendo resultados muy prometedores.

Durante el tiempo que duró el estudio, los voluntarios fueron aislados en un hotel, intentando prevenir el contagio, pero en principio no se puede descartar a la ligera que los anticuerpos no se hayan generado por contagio con SARS-CoV-2. Para descartar esta opción, se analizó la presencia de anticuerpos contra la proteína de la cápside del coronavirus y, dada la ausencia de estos anticuerpos, los investigadores pudieron concluir que la respuesta obtenida se debía a su vacuna.

Aunque los resultados pueden sonar muy positivos (y lo son), hay que tener en cuenta un par de factores. Por una parte los efectos secundarios, ya que al vacunar a más gente podrían aparecer con mayor frecuencia de la deseada. Parte se pueden deber al propio vector adenoviral, y también hay que tener en cuenta que muchas personas presentan anticuerpos contra el adenovirus, lo que podría suponer un problema (aunque no necesariamente). Por otra parte, el seguimiento recoge sólo los primeros 28 días, por lo que no sabemos si esos anticuerpos se mantienen en el tiempo. Para responder a esta pregunta, los investigadores pretenden extender su seguimiento durante seis meses.

Pero en principio es esperanzador, y dados los resultados la vacuna pasará a fase II, comprobando ahora sí su eficacia, aunque en un grupo relativamente pequeño. Para esa segunda fase se ampliará el rango de edad incluyendo a personas mayores de 60 años, ya que en ese grupo de encuentran los potenciales receptores de la vacuna si la distribución no es generalizada (en una primera fase tendría lógica centrarse en población de riesgo como mayores y personal expuesto). Además, dados los resultados de las diferentes dosis, se va a descartar la dosis más alta (con más efectos secundarios) y se centrarán en la protección que ofrecen las otras dos dosis.

Ahora sólo nos queda esperar a que avance la fase II, pero también a que otros investigadores publiquen los resultados de sus respectivas fases I, ya que hay varias vacunas más que ya están en fase clínica. Desde luego, la pandemia sin duda ha agilizado los protocolos y la burocracia a nivel internacional.

Si queréis leer los detalles del trabajo, aquí tenéis el enlace al artículo:

Safety, tolerability, and immunogenicity of a recombinant adenovirus type-5 vectored COVID-19 vaccine: a dose-escalation, open-label, non-randomised, first-in-human trial

Antes de que te distraigas con el video en Youtube que está a continuación, recuerda que además de escribir cosas aquí (cuyo mantenimiento cuesta), tengo mis podcasts, mi newsletter, leo muchos libros y por lo que se ve, comento series divulgativas. Si quieres ayudarme a financiar todas las cosas que pago para poder seguir adelante, puedes hacerlo invitándome a un café en el siguiente enlace. Haz click en el botón!

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Detectando virus con CRISPR-Cas12

Hace ya un par de semanas, alguno me preguntó si iba a explicar lo de detectar el coronavirus con CRISPR. La verdad es que hay varias formas, no sólo una, pero una de ellas ha tenido mucha más repercusión que el resto.

¿Por qué la repercusión? Porque mientras el resto eran grupos pequeños que hacían investigación normal en sus laboratorios, en este caso se trataba de un artículo que había salido de Mammoth Biosciences, una empresa fundada por Janice Chen, Lucas Harrington y Jennifer Doudna. Los dos primeros fueron postdocs de la última, y Jennifer fue una de las co-autoras del primer artículo que describía que CRISPR se podía usar para edición genética… más o menos. Es una mujer que va por la vida ganando premios y esas cosas. Por eso, al salir de ellos (y por supuesto entrar por la vía rápida para la FDA), su artículo tuvo más peso. Ellos describen cómo utilizar Cas12 para detectar el ARN del coronavirus.

¿Cómo funciona Cas12?

En sí, Cas12 no está hecha para detectar ARN. En la naturaleza es una proteína que detecta ADN. Es una proteína asociada a CRISPR (Cas= CRISPR associated) que forma un complejo con un ARN CRISPR. Ese ARN tiene una parte fija (repetición, en negro en la imagen más abajo) y una parte variable (espaciador, en rojo) que actúa como base de datos de CRISPR. Aunque la proteína Cas12 es siempre igual, esa parte variable va cambiando, y al conjunto de las dos partes lo solemos llamar ARN guía. Cuando detecta un ADN que es complementario a la parte roja, se activa y corta cualquier ADN de cadena sencilla que, en principio, sería el que ha desplazado para poder unirse, pero también cualquier otro que pille por banda, porque no lo hace de forma específica, le vale cualquiera.

¿Cómo adaptamos Cas12 para un virus?

Lo primero que tenemos que hacer es solucionar un problema muy gordo, que es que virus hay pocos, y además en este caso (y otros muchos) es ARN. Estos chicos utilizan una técnica llamada RT-LAMP, que usa como plantilla el ARN del virus y hace muchas copias… pero de ADN, que recordemos que es lo que le hace falta como sustrato a Cas12.

Ahora os pongo la imagen para que lo visualicéis, es una adaptación de la que sale en el artículo:

Dibujo como puedo…

Entonces vamos por fases: primero hemos copiado el ARN a ADN, de una copia en azul claro hemos pasado a muchas copias en azul oscuro. A continuación, Cas12 puede detectarlo, si encuentra un fragmento que sea igual a su parte roja. Para eso la hemos programado antes… para que tenga una parte roja que sea complementaria a la secuencia del virus. Al unirse, se activa el “sitio activo” que corta lo que caiga de cadena sencilla (violeta).

Si añadimos un fragmento pequeño de ADN que en los extremos tenga un fluoróforo y un inhibidor de ese fluoróforo (naranja y negro), cuando ese fragmento se corta, el inhibidor se separa y podemos ver fluorescencia.

Así pues, si hay fluorescencia es que se ha cortado, si se ha cortado es que antes se activó, y si se activó es que había secuencia del virus a la que unirse, por lo que fluorescencia = positivo.

Además, todo esto se puede meter casi casi en un sólo tubo, y se puede hacer en cualquier sitio, porque no requiere máquinas especiales, sólo un bloque que mantenga los tubos a una temperatura concreta (y eso cabe en un bolsillo). A partir de ahí, la fluorescencia se puede medir con una máquina concreta o simplemente con tiras reactivas, como las que hay dentro de cualquier kit… como un test de embarazo.

¿Y eso es todo?

Parece algo sencillo y es que lo es, pero también os tengo que decir que no es taaan nuevo como pueda parecer, porque esto ya se había hecho antes para otros virus, y lo que han hecho es adaptarlo. Además, otros grupos han trabajado (y están trabajando) en detectar directamente el ARN del virus, lo que podría acortar el proceso todavía más, pero claro… otros no están en una empresa tan grande. Y que conste que estos chicos son muy majos. Si un día se hacen muy ricos, podré sacar unas cuantas fotos que tengo en mi móvil y sacar algo de tajada…

Si os han quedado ganas de conocer más detalles, el artículo en Nature Biotechnology es este: CRISPR–Cas12-based detection of SARS-CoV-2

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El científico que derrotó a Hitler

Gracias a la ayuda de muchos de mis lectores y oyentes, sigo leyendo libros científicos (y algunos no tan científicos), pero este en concreto fue un regalo para la unidad familiar, aunque la unidad familiar esté un poco desperdigada por el mundo.

El título del libro ya indica uno de los personajes de los que se va a hablar, de Alan Turing y obviamente, de su máquina Enigma. Una historia que muchos conocemos, pero con una serie de curiosidades que quizá a muchos les resulten novedosas. El libro no se queda ahí, y va pasando entre diferentes personajes de la historia de la ciencia que muchos conocemos, pero cuya historia nos puede ser bastante desconocida, y es que no siempre es todo como se pinta.

Entre esa serie de historias que se cuentan, la que a mi me ha llamado la atención especialmente es la del sapo partero… porque a ver, ¿cómo se comprueban los descubrimientos de los demás? A veces hay que tener mucho cuidado… También se habla de (otros) grandes engaños, de las vacunas, y de las mujeres que tanto han colaborado en la historia de la ciencia y tan poco reconocimiento tuvieron, aunque a algunas se las nombre siempre.

Desde luego, es un libro que recomiendo para todos los públicos. Es muy ameno, de esos que se leen casi casi del tirón. Y desde luego, no hay que tener conocimientos científicos previos para entenderlo, toda la información está ahí, muy bien explicada al alcance de cualquiera.

Si queréis leerlo y ayudarme a leer más a mi, podéis comprarlo siguiendo este enlace, en el que a vosotros os costará lo mismo y a mi me darán una ayudita para mis libros: El científico que derrotó a Hitler y otros ensayos sobre la historia de la ciencia de Alejandro Navarro Yáñez.

Si quieres apoyarme sin más, pero ahora no quieres ponerte a leer, siempre puedes invitarme a un café, que a veces necesito ayuda para encontrar horas extra para leer!


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GATTACA y coronavirus

Hace un par de semanas salió un estudio digno de comentar. Se trata de un estudio realizado por el Instituto de Salud Carlos III y que en estos momentos es un preprint, es decir, un borrador de artículo científico, todavía no revisado. Hablan de la transmisión del coronavirus en España y del origen, y varios medios de comunicación se hicieron eco:

El análisis genético sugiere que el coronavirus ya circulaba por España a mediados de febrero (El País)

Investigadores españoles concluyen que el coronavirus entró en España a mediados de febrero (ABC)

La secuenciación genética de virus y los árboles filogenéticos

Vamos a empezar con una introducción de cómo se hacen estas cosas, para los que no sabéis de qué va esto del análisis genético. Vamos a imaginar una secuencia, por ejemplo… GATTACA (así al azar). Eso es una secuencia de ADN. Muchos de los virus que nos afectan a los humanos codifican sus genes en ARN, así que nuestra secuencia se volvería GAUUACA.

Ahora vamos a asumir que el virus en origen, el primero que afectó a un humano, tenía esa secuencia. Y un tiempo más tarde encontramos dos virus, en dos esquinas diferentes del mundo, que tienen una secuencia que es GAUGACA. Sabemos que se ha producido una mutación. Eso pasa porque, como ya sabemos que el virus se copia muy rápido, al copiarse rápido comete errores de vez en cuando. Y en lugar de 7 nucleótidos (letras), tiene 29902. Por eso sería muy poco probable que en dos sitios el cambio fuese exactamente el mismo, asumiríamos que uno viene del otro, pero al ser iguales, la única forma que tenemos de saber cual apareció primero, sería saber cuando se aisló cada uno. Si en lugar de ser los dos iguales, tuviésemos GAUGACA y GAUGAGA, ya sabríamos el orden independientemente de la fecha, porque el que tiene dos cambios, viene por acumulación: GAUUACA muta a GAUGACA que muta a GAUGAGA. El último vendría, muy muy probablemente, del segundo. El problema es que como hay muchos virus por el mundo y nos faltan pasos intermedios, hay que hacer muchos números para poner todo junto, porque recordemos que analizamos los cambios en más de 29000 letras. Por suerte, el virus muta poco.

Para saber las letras hay que secuenciar el virus, que es un proceso que lleva varios días (y es caro), y por eso no se hace con todos. Pero muchos países han contribuido con secuencias, de forma que se ha podido construir un mapa parcial, una especie de árbol genealógico del virus. Si queréis curiosear, podéis visitar la versión interactiva en GISAID.

Filodinámica en España

Ahora vamos a ver qué dice el artículo: Phylodynamics of SARS-CoV-2 transmission in Spain

Analizando más de 5000 secuencias en Europa (más las de China), se pueden sacar muchas conclusiones, y ver de dónde vienen las españolas. Lo primero es que el árbol filogenético del virus tiene tres ramas principales, que han llamado S, V y G:

  • S: está principalmente en América del Norte
  • V: en Asia y Europa
  • G: principalmente en Europa

¿Dónde cae el primer caso en España? Ahí viene el problema. Los dos primeros casos que se diagnosticaron fueron en La Gomera y en Mallorca. El primero se sabía que venía de Alemania y el segundo de Reino Unido, pero esos casos se controlaron y no contagiaron a sus contactos. Poco después, durante el mes de febrero, fueron goteando casos en Tenerife, Cataluña, Castellón y Madrid, pero todos estaban ligados a viajes previos a Italia. Pero en los días siguientes empezaron a aparecer muchos más casos y se empezó a sospechar de transmisión dentro de España. Y descubrimos que alguien que había muerto el día 13 de Febrero (y había sido tratado previamente), tenía el virus. Se había perdido la trazabilidad de los casos.

Para saber de dónde vienen los casos tenemos que mirarlos grupo por grupo, aunque a grandes rasgos ya podríamos sacar algunas conclusiones, yo voy directa a los grupos, que por cierto, se llaman “clados”.

El clado S, o por dónde no los veíamos venir

El origen de este clado sabemos que está en Shanghai y se detectó en una muestra de finales de enero. El MRCA (most recent common ancestor, papá virus) de España es de mediados de febrero. Los investigadores no han podido trazar muy bien su entrada en Europa porque los resultados analizando todas las muestras o sólo las de Europa salen ligeramente diferentes, pero apuntan a los Países Bajos o a Inglaterra a mediados de enero (fecha teórica calculada sobre el 18 de enero). El análisis de datos dice, en cualquier caso, que es muy poco probable que entrase directamente a España desde Shanghai, aunque quizá sí desde Asia. En Europa se localizó en una muestra del 24 de enero en Francia.

El clado V, o dónde podemos tener un poco de culpa

El origen de este clado no se puede determinar muy bien, porque las cuentas dicen que apareció sobre el 23 de diciembre (y no se estaban secuenciando virus todavía porque oficialmente… virus, qué virus). A finales de enero se recogieron muestras de este grupo en Francia, de unos turistas chinos. Se divide en dos grupos (subclados). El primero tiene origen en Inglaterra a principios de febrero y el segundo en Noruega o en España (aunque Noruega tiene un poco más de probabilidad). Surgió sobre el 10 de febrero (el subgrupo, se entiende) y claramente faltan datos en medio. Quizá si van apareciendo más secuencias se pueda rellenar el hueco.

El clado G, la madre de la pandemia

Como dije antes, estos se encuentran principalmente en Europa. Representan la mitad de las secuencias que hay, y tenemos más datos sobre ellos. El análisis dice que apareció en Inglaterra sobre el 20 de enero. Sabemos que de allí pasó a Alemania, porque el primero brote que hubo en Alemania deriva de éste. Las secuencias del G que hay en España no tienen una fuente común, no derivan unas de otras simplemente, por lo que tuvo que haber varias entradas diferentes, siendo la primera sobre el 18 de febrero. Aquí hay que destacar también un detalle, y es que pese a que sabemos que hay conexión con el brote de Alemania, se pierde el hilo por el camino porque los alemanes casi no han depositado secuencias, así que los investigadores han tenido que conectar los hilos un poco a ciegas. Si los alemanes añaden más secuencias, quizá se pueda aclarar qué pasó exactamente.

Conclusiones

Tras todo lo dicho, creo que podemos concluir que:

  • El virus entró a España desde Europa
  • Los análisis apuntan a Inglaterra, Países Bajos y Alemania
  • Como mínimo, el virus estaba en España a mediados de febrero
  • Dadas las estimaciones de antepasados comunes, el virus circulaba libremente cuando no sabíamos ni que existía
  • El análisis se limita a los genomas disponibles, falta información
  • Si hay más secuencias, se podrá dibujar mejor el árbol filogenético

Aunque no he revisado en detalle las cuentas porque es algo que se sale de mi campo de conocimiento, los datos coinciden con el árbol de GISAID, así que no se lo han inventado, y lo que queda es que se revise si las fechas aproximadas y los intervalos de confianza que dan tienen sentido. En cualquier caso, tras leer esto, os animo a que volváis a leer las noticias que enlacé al principio y sobretodo a reflexionar si habría sido posible evitar que entrase en España. Curiosamente, ambos periódicos cambiaron sus titulares al poco tiempo… pero yo os he puesto los originales, porque lo primero que se interpreta es lo que es…

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El club de las 5 de la mañana

En estos tiempos de pandemia muchísima gente ha leído libros de esos de autoayuda, en parte por necesidad del momento y en parte por tener tiempo. Más que un libro de autoayuda, yo clasificaría éste en estilo de vida. Lo leí hace ya unos meses, principalmente por curiosidad. A veces debería ser menos curiosa.

La idea general es muy bonita: levántate pronto, aprovecha la primera hora al máximo, disfruta del día, toma el control de tu vida. Sí, muy bonito. Pero para todo eso os prometo que no tenéis que madrugar tanto.

Lo primero es que cada persona tiene un ritmo y hay gente que si se levanta a las 5 de la mañana, muerde. Probablemente en mi caso sería algo así. Me levanto “pronto”, pero no “tan pronto”. Da igual a qué hora nos levantemos porque lo importante es dormir lo que hace falta dormir, que es en general entre 7-8 horas. Por eso, si te vas a levantar a las 5, tendrás que irte a dormir mucho antes.

En el libro lo que se encuentra es una serie de personajes idealizados que considero que son lejanos a cualquier realidad, una historia de amor que en el mundo real no tendría ningún futuro, y una serie de enseñanzas que suenan muy bien pero que si se intentan seguir al pie de la letra, probablemente a lo único a lo que lleven es a la frustración. Pero eso no quita que el libro tenga una serie de aspectos útiles… porque cumple un objetivo que es por lo que cae en las manos de mucha gente: aumentar tu motivación para tomar las riendas de tu vida.

Sea como fuere, juntando lo que he leído (por momentos arrepintiéndome de estar leyéndolo, no lo niego) con lo que sé y mi propia experiencia, sí puedo dar un resumen de ideas:

  • Levántate siempre más o menos a la misma hora: sean las 5 o sean las 10.
  • Duerme aproximadamente 8 horas. Si descansas bien y te levantas a la misma hora, acabarás despertándote sin despertador.
  • Haz algo de ejercicio todos los días, pero no tiene por qué ser a primera hora de la mañana.
  • Las rutinas te facilitan la vida. Pon rutinas en tu vida.
  • Reflexiona sobre tus avances. Quizá no necesites un diario, pero piensa qué quieres hacer y qué has hecho. Eso te ayudará a tener perspectiva.
  • Descansa lo que necesites y no te agobies con la vida, que no vale la pena.

Así que lo dicho. Autoayuda y mucha palabrería. Si todavía queréis leer el libro, sigo diciendo que puede ayudar a motivar al lector, así que podéis comprarlo en el siguiente enlace, de forma que además me ayudaréis a seguir comprando más libros que comentar: El club de las 5 de la mañana