Organiza tu bibliografía y ponte a leer… en una semana!

Uno de los temas del laboratorio con el que soy especialmente paranoica es con la organización y lectura de papers. He cambiado de gestor varias veces, pero os puedo asegurar que lo que os voy a contar se puede aplicar a casi cualquier gestor. 

La idea: necesito un sistema que me permita tener todos los ficheros siempre accesibles. Además, necesito que sea un sistema que vaya a funcionar cuando estoy en el Mac del trabajo, que pueda acceder desde el Mac de casa, que pueda acceder desde el iPad. Que pueda sincronizar todo. Mi idea además es minimizar la compra de software, por lo cual me he inclinado hacia cosas libres y/o gratuitas. Eso si, todo esto tiene que ser compatible, para mi desgracia, con Word. Como mi sueño es volver algún día a LaTeX, pues también quiero que sea compatible.

Voy a narrar el sistema desde el punto de vista del momento en el que me cambié de laboratorio, para que cualquiera de vosotros pueda leerlo como una idea a adoptar con los diferentes pasos, y no solo con como funciona ahora. Es un sistema muy complejo, que me ha llevado bastante tiempo optimizar para que quedase a mi gusto, pero lo que tengo ahora es bastante multiplataforma, y cualquier puede usarlo al completo o solo las partes que le interesen.

Que necesitamos:
– Un ordenador, el que sea (en mi caso, un iMac y un Macbook Pro)
– Una cuenta de Dropbox (yo la tengo de pago, pero en principio con una gratuita llega) o otro sistema de sincronización en la nube que os guste
– Microsoft Word: ya se que esto hay que pagarlo, pero bueno, en general se puede conseguir una licencia en el trabajo
– Mendeley: este es el gestor que yo estoy usando en estos momentos. Previamente usaba Endnote, pero decidí cambiarme para no liarme con las licencias. Mendeley es más sencillo, pero cumple sus funciones.
– Adobe Reader: versión totalmente gratuita. Otros lectores de pdf podrían valer, pero no necesariamente todos, luego me explico.

Opción móvil. Todo lo anterior más:
– Un iPad (supongo que se puede apañar con otras tablets)
– La app de Mendeley para el iPad
– La app Documents para los pdf

Día 1: creación

Has decidido que tener todos esos pdf de papers en el escritorio no es un buen sistema. O lo que es peor, todas esas copias impresas con anotaciones. Lo primero que tienes que hacer es hacerte, a grandes rasgos, con la lista de cosas descrita arriba, o una similar a tu gusto. Después, vas a juntar todos los pdf en una carpeta en tu escritorio a la que vas a llamar “mierda” y le vas a decir a Mendeley que busque papers en esa carpeta. Antes de decirle que lo haga, asegurate de crear una carpeta en tu Dropbox llamada “Papers” y de decirle a Mendeley que duplique los ficheros y los renombre a tu gusto. A mi me gusta mucho la opción de autor-año. Haz clic y vete a por un café.

Cuando vuelvas, tendrás todos los papers añadidos. Ahora para que la lista crezca, puedes buscar nueva bibliografía desde el propio Mendeley e ir añadiéndola a tu biblioteca. Aquí mucho cuidado porque en Endnote puedes seleccionar en masa y decirle que busque los pdf, pero hasta donde sé en Mendeley si no lo tiene no, así que tendrás que ir uno a uno bajando tú los pdf. En cualquier caso no te sobres y añade lo básico. Después hablamos de las búsquedas de pubmed y como hacer que tu biblioteca crezca.

Coge también todos los papers que tengas en papel y ve añadiéndolos. Aquí entra el punto de cómo buscar algo de lo que sabes el título. En tu navegador puedes añadir una extensión para Mendeley. Busca en google el título del paper que te interesa y al hacer clic te lo va a añadir automáticamente. Si puede, incluso se va a bajar el pdf (hay cierto desacuerdo en si lo de bajar los pdf solos funcionan o no). Otra opción es que busques el paper y bajes el pdf. Luego arrastra el pdf al icono de Mendeley y ya lo añade. Yo como dedico un rato del tirón a varios, suelo hacerlo así porque luego selecciono los 10 ficheros, arrastro, y sé que todas las entradas tienen pdf. No tires todavía tus copias en papel.

Ahora tienes tu lista con los papers que tienes, y quizá alguno mas que hayas añadido. Ya está bien para el primer día.

Día 2: digitalización

En este segundo día nos vamos a centrar en el tema paperless. Vas a comenzar por pasar todas tus notas al sistema digital. Aquí entra en juego Adobe Reader. Mendeley tiene su propio sistema de apertura de pdf, con el que puedes incluir notas y subrayar. El problema de esto es que son sus notas, no las notas del pdf, con lo que cualquier intento que hagas de abrir desde otro sitio, no van a estar. Lo bueno de Adobe Reader es que el tipo de notas que pone se pueden imprimir, se pueden ocultar para imprimir, puedes mandarle a alguien el fichero con tus notas, etc etc. Abrid Mendeley y con el clic derecho le decís que abrir externamente, y lo hará con vuestro lector por defecto, que en este caso esperamos que sea ese. Ahí abrís las herramientas de anotación y ya podéis subrayar, poner postits o lo que sea. Para practicar, podéis pasar ahí todo lo que tengáis escrito en vuestras copias de papel. No os olvidéis de configurar cómo queréis que se marquen los papers como leídos… yo lo tengo para hacerlo yo a mano, para que no se me cuelen cosas a las que solo les echo un ojo. A partir de ahora vuestro objetivo es que la lista crezca, pero que no tengáis demasiadas bolitas verdes.

Cuando por la razón que sea tengáis copias en papel, pasad las notas a vuestra version digital y pensad si os va a hacer falta la copia para algo (por ejemplo, para una reunión con el jefe). SI es que no, basura.

Día 3: crecimiento

Ya tenéis vuestro sistema a punto, y ahora lo que queréis es organizar como conseguir nuevos papers. Como dije antes, siempre se puede ir a lo bruto y coger cientos, pero hay métodos mejores para que no os veáis de repente con 800 papers pendientes de lectura, de los cuales la mitad de poco sirven. Vamos a hablar de las alertas y las búsquedas. Mi sistema cuando empiezo con algo nuevo es seleccionar una serie de búsquedas clave que hago en pubmed y cuyos resultados agrego según me parezcan más o menos interesantes a mi biblioteca. Esas búsquedas clave las añado a mis búsquedas guardadas en My NCBI y le digo que me mande mails con las novedades. Así, una vez a la semana, o cuando corresponda, me llega un mail con los enlaces de lo que es nuevo y me puede interesar añadir a mi biblioteca. Los mails semanales son muy cómodos, porque haces todo del tirón, pero igual preferís que llegue fraccionado aunque lo proceséis de golpe, si trabajáis en un tema caliente. Algunos ejemplos son:

– Palabras clave de vuestro tema. Por ejemplo, en mi tesis, eran cosas como “fago T4”, “fago T7” etc. Así veréis todos los papers de vuestro subtema.

– Palabras clave de vuestro tema en modo review, por ejemplo “bacteriófagos”. Con esto os aseguráis de pillar todas las reviews que se publiquen sobre el tema en general. 

– Palabras clave de vuestras técnicas, por ejemplo en mi caso “cristalografía”.

– Nombres de vuestros competidores, para no dejar de lado lo que están publicando.

Añadid lo que creáis oportuno a vuestra biblioteca tanto en la búsqueda inicial como en las revisiones.

Día 4: empezar a leer

Abrid vuestra biblioteca y ordenadla por el criterio que sea y después por el estado de lectura. Los tres primeros papers que aparezcan pendientes de lectura os tocan hoy. Los abrís en el Adobe Reader y los leéis. Según el tipo de paper os interesará más una sección u otra, así que no siempre os tenéis que leer todo. Si veis que hay algo que queráis leer de las referencias, os lo añadís. Si queréis, ponéis una nota en el pdf en la que resumís por que es importante. Por ejemplo, yo tengo cosas como “paper de primera estructura de un virus por cristalografia”. Esas notas ayudan después cuando tenéis que escribir un paper o vuestra tesis. Según leéis, marcáis como leído.

Día 5: la revisión

Una vez a la semana, os abrís los mails con las notificaciones de papers nuevos y añadís lo que creáis conveniente. Además de eso, podéis dedicar este día a revisar las principales revistas para ver que otros temas están de moda, aunque no sean de lo vuestro. Esos papers no se bajan, se ojean en la revista y ya, a no ser que os interese tanto que queráis guardarlos.

Día 6: la movilidad

Esto para mi es un aspecto importante. En mi segundo ordenador tengo instalado lo mismo apuntando a la misma carpeta de dropbox, por lo que simplemente puedo abrir todo sincronizado. En el iPad sincronizo de vez en cuando la app de Mendeley para tener acceso a mi lista, pero lo que más uso es Documents, que me permite abrir el fichero pdf y anotar sobre él de una forma muy limpia. Lo que hago es tener sincronizada la carpeta papers de dropbox en Documents, de forma que pueda acceder a lo que sea offline y sincronizar después. Si vais a leer frecuentemente en vuestro iPad, es útil que en vuestra revisión semanal hagáis una lista de lo que queréis leer y os lo pongáis en vuestro gestor de tareas preferido, apuntando autor y año o lo que sea, ya que en Documents vais a ver el nombre que le hayáis dado via Mendeley.

Día 7: descanso

No intenteis leer todos los días por leer, pero intentad mantener un ritmo. Siempre hay épocas mejores o peores, pero estando bien organizados, todos podemos sacar un hueco para leernos un par de papers al día. Esto, si contamos 52 semanas al año y leer solo de lunes a viernes dos papers, nos sale a más de 500 al año. Parece muchísimo pero no es tanto esfuerzo. Y no olvidéis descansar un día de vez en cuando, porque la mente también necesita descanso!

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3 comentarios en “Organiza tu bibliografía y ponte a leer… en una semana!

  1. Yo uso Papers para tener mi bibliografía, mis notas, e incorporar citas a lo que escribo en Word.

    ¿Realmente lees 2 papers al día? ¿O crees que es necesario?

    A mi me parece una burrada, por no decir que leerse un paper no es leer las palabras del paper, si no trabajárselo, mirar los datos, interpretar las gráficas antes de leer lo que los autores te quieren contar, comparar con otros papers…

    No sé, leyéndote da la impresión que lees papers como quien lee artículos de periódico. No he conocido a nadie en mi vida que lea 2 papers por día, pero aquí en Dinamarca la gente es muy vaga 😛

    1. A ver Kalsten, es que depende de que llames leer. Hay un punto intermedio… Tú como decides a cuales les vas a dedicar las 3 horas que te va a llevar el análisis detallado? Yo hay papers que los miro más por encima y otros que me llevan un huevo de horas, pero eso nunca lo vas a saber solo por el título. En lo mío hay mucho paper en el que lo único que te interesa es algo concreto de los métodos, así que el resto lo miras muy por encima. Pero vamos, eso entiendo que también depende mucho del tema en el que trabajes.
      Lo que si, yo tengo una obsesión por eso de no citar un paper que no haya visto, así que por ejemplo me bajo muchos que me leo solo por encima, pero no quiero citar nada, por mucho que todo el mundo lo cite, sin haber comprobado yo misma el paper. Y así me pasé meses buscando un paper de 1915 en francés… 🙂 Para poder un ejemplo fácil, piensa en el paper de Laemmli en el que se describen los geles de poliacrilamida: yo soy esa persona que se ha ido a buscar el paper y lo ha leído antes de citarlo para la receta del buffer. Vale que yo igual soy un poco exagerada.

  2. En mi caso, mi sistema es más sencillo: Simplemente lo tengo organizado por carpetas en el escritorio. (Casi todo está por duplicado tanto en el ordenador del lab, en el de casa y en un disco externo que voy actualizando cada 20 días)

    Una carpeta con “Bibliografía doctorado” y a partir de ahí diferentes subcarpetas, organizándolos ya bien sea por métodos, por el tipo de experimental que hacen y necesito o por las diferentes partes de la tesis. Lo que sí, que la carpeta está indexada (con los correspondients textos del PDF), con lo que sólo le doy a buscar en inicio y ya tengo el paper porque normalmente los tengo renombrados por autor y año.

    Sí, es un sistema MUY basto, pero cuando dieron el curso de Mendeley en mi universidad yo no estaba… y últimamente no tengo mucho tiempo para aprender (voy por mi 3er MOOC que no hago).

    Si veo que hay alguno que me interesa, lo acabo imprimiendo porque soy incapaz de leer pdfs a dos columnas en el ordenador.

    En cuanto a lo de la revisión me he marcado algo que voy cumpliendo. Cada dos semanas intento buscarme una tarde en SCOPUS buscando los temas que me interesan y si hay alguna revista que me interesa porque publican bastante de lo mío, al final me suscribo a su newsletter.

    Ah, y Researchgate…es bastante bueno para estar al día gracias a la sección de preguntas.

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