Si las vacunas llevan ARN… ¿por qué no las detecta la PCR?

En los últimos días se ha puesto en duda si ciertas declaraciones estaban mostrando que no se estaba entendiendo cómo funcionan las pruebas de detección de coronavirus. En parte la culpa es nuestra, porque hemos simplificado tanto el concepto de PCR que es normal que se produzcan confusiones. La duda es… ¿detecta la PCR las vacunas que te has inyectado?

Vamos a repasar qué es cada cosa, para poder entender por qué no es posible detectar si se está vacunado con una PCR. ¿Habría forma de detectar otro tipo de vacunas? ¿Qué podríamos detectar de cada vacuna? ¿Qué prueba podríamos hacernos para saber si alguien está vacunado?

El coronavirus tiene ARN, pero otros virus no

El primer punto crítico es saber qué se usa en las vacunas, antes de preguntarnos si se detectan con PCR o no. En las vacunas que se han utilizado (al menos hasta finales de enero) en España, lo que vacuna es un fragmento de ARN que se corresponde a la proteína S del coronavirus SARS-CoV-2. Es ARN por la técnica utilizada, pero además coincide con que en este caso, el virus guarda su información genética en ARN. Otras vacunas, como la de AstraZeneca o la Sputnik V, utilizan adenovirus modificados. Los adenovirus, en cambio, tienen su información genética en ADN, igual que nosotros.

La PCR… ¿detectaría vacunas de ARN? ¿Y otras?

La prueba de detección que se hace en las muestras nasofaríngeas están diseñadas para detectar el material genético del virus, y confirmar que está el virus completo. Para ello, aunque cada compañía puede ajustar sus fragmentos, lo que se hace es buscar entre dos y tres fragmentos del material genético del virus, que estén suficientemente alejados entre ellos en el genoma. Esto permite confirmar que no es una contaminación puntual con un fragmento y, además, nos aseguramos de que no se nos escapan positivos por la aparición de nuevas variantes.

La PCR, reacción en cadena de la polimerasa, amplifica exclusivamente ADN. Esa polimerasa no puede hacer copias de ARN. Para que funcione sobre el material genético del coronavirus primero debemos añadir un paso, una retrotranscripción, para generar ADN del ARN. Por eso, el nombre correcto de la técnica es RT-PCR, aunque todos digamos simplemente PCR.

Como se detectan varios fragmentos, si hiciésemos la prueba usando un vial de la vacuna de ARN, sólo podría salir positivo el fragmento que está en la vacuna, y no el o los que corresponden a otras partes del virus. Si la hiciésemos en un vial de una vacuna basada en adenovirus, se podría detectar lo mismo, ya que el resto del virus es diferente, y lo único que lleva del coronavirus es la proteína S. Aunque sean virus con ADN, en ese caso la retrotranscripción no generaría ningún producto e iríamos directamente sobre el ADN. Pero todo esto sería sólo sobre el papel, no en la vida real. Saber que la PCR detecta vacunas en un tubo de ensayo nos sirve de poco.

Brazo siendo vacunado
Se vacuna en el brazo, no en la faringe

No va a detectarse ni el fragmento de S en una prueba

La realidad es que la cantidad de ARN presente en las vacunas es muy baja, y la cantidad de ADN presente en las de adenovirus es mayor, pero tampoco suficiente. Las vacunas se inyectan en el brazo. Si se toma una muestra para detectar si te has contagiado, la muestra va a ser nasofaríngea o de saliva (a no ser que se hayan lanzado a las famosas PCR anales). En cualquier caso, el material genético que estaba en la vacuna no va a estar en tu garganta y si llegase remotamente, no estaría en cantidades detectables. Como mucho, podría detectarse en una muestra tomada de tu brazo justo después de haberte vacunado… y más vale que atinen a pinchar en el mismo sitio. Vamos, que no puede detectarse el ARN de la vacuna en una muestra típica.

Habría una excepción, pero no estamos usando esas vacunas. Sí sería posible tener una vacuna que podría dar positivo incluso para todos los fragmentos, pero es altamente improbable. Eso podría ocurrir si utilizásemos un coronavirus atenuado, todavía capaz de replicarse pero sin ser capaz de producir la enfermedad, y que la PCR detectase fragmentos que no se hayan modificado. Es altamente improbable, pero si llegamos a esa situación, adaptaremos la PCR para que sea capaz de diferenciar entre el virus infectivo y el de la vacuna.

Entonces, ¿podemos ver si alguien está vacunado?

Podríamos, no es imposible. Aunque con una prueba de infección activa como la PCR no detecta nunca las vacunas (de ARN o no), sí podemos hacer una prueba para ver que alguien no está vacunado: una de detección de anticuerpos. Porque si te has vacunado, y la vacuna ha hecho su trabajo, darás positivo en una prueba de anticuerpos.

Por otra parte, también vas a ser positivo si has pasado la infección y tienes tus propios anticuerpos por ello, así que un positivo no quiere decir que sea vacuna, al menos con lo que se está utilizando en estos momentos. Sería posible (y puede que haya laboratorios haciéndolo) que utilicen test orientados a anticuerpos específicos de la vacunación. Porque cuando nos vacunamos, los anticuerpos que generamos son ligeramente diferentes a los que tenemos tras una infección. Pero desde luego, con un test de los rápidos de anticuerpos, un positivo indica que o lo hemos pasado o estamos vacunados y un negativo que ninguna de las dos, sin diferencias.

¿Entonces? ¿Ocultaba algo?

Si alguien se hace una PCR o no se la hace, eso jamás nos va a decir nada sobre si se ha vacunado o no. Las razones que tenga cada uno para no hacerse una PCR las sabrá esa persona, pero desde luego, ocultar una vacunación no es una de ellas.

Como espero que os haya quedado un poco más claro el tema, os pido que compartáis este post entre todos aquellos que os hayan hecho llegar esta duda durante los últimos días. Como siempre, podéis dejar vuestras dudas en los comentarios y estaré encantada de contestarlos. Estos artículos son posibles gracias a la colaboración de los lectores, para poner tu granito de arena puedes hacerlo con cualquiera de las formas descritas aquí o invitándome a un café:

13 comentarios

  1. Interesante post. Yo me hice esta pregunta antes de que salieran a la luz las vacunas. Pero no entiendo el párrafo «La PCR… ¿detectaría vacunas de ARN? ¿Y otras?».

    Otra pregunta que me surge aunque no sea referida específicamente a las vacunas. Si en una muestra estuviera el virus completo con toda su cadena intacta (imagino será difícil) ¿la PCR lo detectaría? ¿se pueden unir los cebadores?

    1. Aclaro un poco: para que una PCR se considere positiva, tiene que detectar todos los fragmentos que busca. Si sale positivo solo en uno, no vale. En ese caso lo que se hace es dudar de que algo ha ido mal y repetirla si se considera necesario.
      Por lo tanto, en una vacuna de ARN que tiene sólo la secuencia para la proteína S, aunque se hiciese la prueba en el vial de la vacuna, sólo saldría positivo para el fragmento S y no para el resto, así que el resultado sería negativo para «presencia del virus».
      Si fuese otro tipo de vacuna, que lleva un virus entero, la situación es similar con las que usamos en Europa, porque el resto del virus es distinto y volvería a detectar sólo un fragmento. Podría salir positivo para las de virus atenuados, pero en Europa todavía no usamos ninguna. En América sí (la de Sinovac).
      Pero en cualquier caso eso sería sólo en el vial de las vacunas, no en el cuerpo, porque la prueba la hacemos con la muestra tomada con el palito en la nariz y ahí no va a llegar lo que hay en la vacuna, porque la vacuna no produce infección (si el virus no te infecta y se multiplica lo suficiente, no se puede detectar ni por PCR).

      A la otra pregunta, si el virus está entero, claro que la PCR lo detecta. Eso es exactamente lo que hace la PCR. No detecta que el virus esté activo, detecta que esté «todo» (al detectar varios fragmentos). Por eso la PCR además de detectar si hay virus en nuestra nariz, podemos usarla para saber si hay virus en una superficie. La parte crítica es que la muestra tenga suficientes virus como para poder detectarlos. Pero recordemos que en ningún caso detecta que la persona tenga una infección activa o no, no diagnostica enfermedad, lo que detecta es presencia: dice que la persona tiene virus.

  2. Muchas gracias por la respuesta. Ahora si lo entendí. Me había liado un poco y no lo visualizaba bien. No obstante lo de que se deben detectar entre dos y tres genes en la prueba PCR para considerar que hay virus, eso es teórico a la vista de algunos documentos de la OMS en los cuales dice que no es necesario validar la presencia del gen RdRp que es el más específico del SARS-Cov-2, es suficiente con el S y creo que el N, que no son específicos, pero bueno ese es otro tema. Lo extraño (para mi, que no soy médico ni biólogo) es la casualidad de que tanta gente de positivo a la PCR después de vacunarse.

    1. Los fragmentos que se utilicen pueden variar, no hay un único fragmento N o S, cada empresa usa un set de cebadores pero al menos uno de ellos tiene que ser específico, y justo para N y S existen sets reportados que son muy específicos. Pueden ser también varios fragmentos dentro de un mismo gen que estén separados entre ellos. Hay protocolos puntuales que detectan sólo un fragmento pero deberían confirmarse.
      Lo otro es simple sesgo de confirmación: se destaca cuando alguien da positivo después de vacunarse, pero es que es imposible detectar un fragmento del gen N (por poner un ejemplo) después de haberse vacunado. Y ahí están los datos de los países en los que ya se ha vacunado mucha gente, que tienen una bajada de casos entre los vacunados que concuerda con lo esperado.

      1. Se agradece la información extra, pero en cuanto al sesgo de confirmación y ciñéndonos solo a España, es sorprendente lo grande que es el sesgo y sobre todo más sorprendente en sitios y localidades donde no ha habido prácticamente incidencia en ninguna de las olas. De todas formas imagino que los datos de aquí o de otros países serán totalmente correctos y que nadie podrá hacer que sean incorrectos.

      2. En España hace relativamente poco que se ha completado la pauta como para poder observar la bajada de contagios por la vacunación, pese a ello, ya han empezado a observarse los efectos. Si en una residencia aparecieron contagios a los dos días de la vacunación la causa es cualquier otra, ya que la vacuna ni lleva el virus ni puede dar positivo en una PCR ni se suelta en la nasofaringe. En España no se ha completado la pauta de vacunación con ninguna vacuna que lleve un virus dentro.
        En la última ola el número de contagios fue muy elevado en muchas zonas frente a los meses previos y, si la incidencia en la población es muy alta, van a existir más posibilidades de que entre el virus en una residencia. Y, pese a ello, se observa una notable bajada de contagios en la población vacunada frente a la no vacunada en el último par de semanas.
        Respecto a la parte de la conspiración… no, no se me ocurre por qué países con ideas opuestas, gobiernos opuestos, etc etc se habrían puesto de acuerdo para decir que una vacuna funciona. Si todos obtenemos el mismo resultado, quizá es que es cierto, digo yo.

  3. ¿Bajada de contagios por la vacunación? Pero si la vacuna no impide el contagio. La verdad es que si se observa una bajada de contagios en las últimas semanas, curiosamente también se observa una bajada en las pruebas PCR y de antígeno. El virus entra en las residencias, pues puede ser, pero no me deja de resultar curioso, ¿por qué? Los centros más castigados durante la primera ola las residencias, entonces se toman medidas y muy restrictivas, vale, bastante coherente o no según se mire, pero en definitiva para proteger. Con lo cual, las residencias deberían ser desde ese momento los lugares más seguros (se aprende de los errores) y sin embargo vemos que sigue habiendo afectados en la segunda ola (el virus entra y sale de las residencias) y en la tercera ola que ya hay un método para paliar la enfermedad sigue habiendo contagios. No digo que sea la vacuna la que produzca el contagio, no tengo formación ni información para saber eso, pero que se produzca justo después es bastante extraño y la explicación que me da (que se la agradezco) pues no es muy científica para este sitio.

    1. La vacuna reduce el nivel de virus al evitar la fase grave con mayor carga viral, es lo que se está observando. Nadie ha dicho que las vacunas no impidan contagios, es que no se sabe hasta qué punto los impiden o no. Solo se ha calculado la eficacia en la prevención de la enfermedad sintomática. Sabemos que los asintomáticos contagian, pero también que se carga viral suele ser menor.
      ¿La explicación no es científica para este sitio? Entonces necesito saber que se considera una explicación científica adecuada, para poder mejorar mi explicación. Puedo ser mucho más técnica sin duda, pero dificultaría la comprensión para aquellos sin formación. Para que una PCR se considere positiva en España deben detectarse otros fragmentos. Una PCR positiva exclusivamente en un fragmento de S no es válida. Las vacunas sólo llevan S, jamás N, no E, ni ningún otro gen del que se estén amplificando fragmentos.
      Dices que parece extraño… ¿existen datos de que se hayan producido más contagios en residencias después de la vacunación? ¿Existe una bajada en pruebas? Porque lo que sí existe es una bajada en la positividad. 22 de enero: 155k PCR y 98k antígeno, positividad del 16%. 8 de febrero: 109k PCR y 99k de antígeno, 8.6% de positividad. Se hacen menos si hay menos casos sospechosos porque la incidencia baja.

      1. «En España hace relativamente poco que se ha completado la pauta como para poder observar la bajada de contagios por la vacunación», esto lo ha dicho usted. Claro es difícil saberlo porque como bien dice en los ensayos no se ha evaluado dicha cuestión, se ha evaluado la reducción de síntomas en casos leves y moderados, entonces es bastante difícil conocer el resultado de la observación de una variable si no se diseña un estudio para ello. Quizás no me he expresado de la forma más correcta en cuanto a explicación científica ( se agradece que lo haga a un nivel bajo para que lo entienda todo el mundo, incluido yo que no considero ser experto). «Como ha habido muchos contagios la probabilidad es mas alta de que el virus entre en las residencias». ¿No está de acuerdo conmigo, que las residencias españolas deberían ser hoy los lugares más seguros en cuanto a contagios se refiere? ¿No se supone que hemos aprendido? ¿La incidencia es más alta? Si, claro, teniendo en cuenta los protocolos para declara casos, casi todo es sospechoso de Covid, en muchos sitios no se tienen en cuenta los ciclos de las PCR y un largo etc, podemos disparar los casos casi cuando queramos y al revés. Se hacen menos si hay menos casos, pues si, eso sería lo lógico, pero en este país no ha primado ni la lógica ni el sentido común desde que todo esto empezó. Me encanta la ciencia, me parece que nos ha hecho avanzar, conocer cosas que desconocíamos, nos ha facilitado la vida, pero creer firmemente en todo lo que se nos dice sin cuestionarlo creo que va, precisamente, totalmente en contra de lo que representa la ciencia.

      2. Claro que he dicho eso, porque en España hay menos gente con la vacuna que en Israel, por ejemplo. Y hace ahora 3 semanas que se supone que se ha empezado a alcanzar la mayor respuesta en las personas que recibieron su primera dosis en los primeros días de vacunación. Se pueden observar efectos ya en algunas residencias, pero en la población tardaremos más hasta que haya un porcentaje suficiente de gente vacunada.
        Respecto a las residencias insisto, ¿hay algún dato que indique que hay más casos en las residencias vacunadas que en las no vacunadas? ¿hay datos que indiquen que en las residencias hay más casos que fuera de ellas? Las residencias son lugares con menos riesgo que otros, pero no tienen riesgo cero. Al menos en los casos que me han tocado de cerca el brote ha comenzado siempre por un trabajador contagiado y en los momentos en los que se han permitido visitas.
        Del nivel de pruebas… «eso sería lo lógico, pero en este país no ha primado ni la lógica ni el sentido común desde que todo esto empezó». ¿En serio? Porque los datos que aporté previamente indican justamente eso. Lo recomendado es hacer pruebas para mantener una positividad inferior al 5%. Tras las navidades no eran suficientes con la ola, ahora rondamos esos números y si los casos siguen bajando bajará el número de pruebas necesarias, como ya ha ocurrido en algunas comunidades en las que la situación está más controlada.
        Me parece perfecto que se cuestionen las cosas, lo que no se puede es decir «hay muchos más casos en residencias porque sí». Hay que tener datos que afirmen eso, y no una impresión personal. Yo podría decir que los residentes en Madrid de 35 años son inmunes al virus porque tengo aquí dos casos que no se han contagiado, y eso es una observación personal, igual que si se me dice que en una residencia hubo casos. Y si se me enseña otra residencia yo puedo enseñar otros casos. Eso sería absurdo, ¿verdad? Por eso hay que comparar los datos totales y, en este caso, lo que necesitaríamos serían datos de residencias con pauta completa de vacunación comparado con residencias sin vacunación. Diferencias entre residencias vacunadas antes o después. Así podríamos observar si existe correlación y, a partir de ese punto, trabajar en la causalidad.

  4. Pues debo ser yo que no entiendo su frase, «En España hace relativamente poco que se ha completado la pauta como para poder observar la bajada de contagios por la vacunación» yo entiendo que la consecuencia de la disminución de contagios se debe a la administración de la «vacuna», pero si la «vacuna» no está diseñada para evitar el contagio, pues no sé, seré yo que no lo entiendo. No tengo disponibilidad de acceso a los datos como para comprobar si hay más contagiados en las residencias vacunadas que no vacunadas, lo único que puedo comprobar al respecto es a través de medios de comunicación. Pero bueno debe ser bastante normal que prácticamente todos y en algunas residencias todos los usuarios se contagien justo después de ser vacunados, además de los trabajadores de esas mismas residencias. Si es cierto, riesgo cero no hay, en la vida no hay riesgo cero, pero esas noticias a las que aludo, deberían ser muy anecdóticas y no lo son.

    «Al menos en los casos que me han tocado de cerca el brote ha comenzado siempre por un trabajador contagiado y en los momentos en los que se han permitido visitas.»

    «Me parece perfecto que se cuestionen las cosas, lo que no se puede es decir «hay muchos más casos en residencias porque sí». Hay que tener datos que afirmen eso, y no una impresión personal.»

    Pues si, ya veo que no hay que generalizar sin mas.

    Aprovechando el tema de correlación quizás me pueda explicar usted la correlación existente entre la IA y el % de positivos.

    Por qué no se utilizan factores correctores al realizar la IA al mismo tiempo que referir ese índice a un valor de referencia, ¿No sería más correcto? ¿Pregunto?

    1. Aunque la vacuna se ha ensayado para evitar los síntomas de la COVID-19, eso no implica que no vaya a afectar al número de contagios: los estudios que se han realizado durante la vacunación ya indican que genera protección contra el contagio.
      En la información que se ha dado en los medios de comunicación se ha dicho que en todas las residencias se ha completado la pauta de vacunación excepto un par de casos puntuales en los que hubo un brote. Casos puntuales.
      La frase que citas de un ejemplo concreto, por otra parte, está escrita en un contexto en el que ejemplifico que no se puede generalizar, así que no la saques de ese contexto: lo que digo ahí es que de la misma forma que se puede suponer que es por la vacunación, se puede suponer que es por un trabajador que produce los contagios. Pero no tenemos datos para decir que todas las residencias se han contagiado por eso. Lo que está claro es que las residencias de contagian de algún lado, el virus no se genera espontáneamente dentro.
      No existe correlación entre la IA y el % de positivos.
      Tampoco se me ocurre cómo corregir la IA. Tendría sentido tener en cuenta el tamaño de la población a la hora de tomar medidas, cosa que se hace en muchos casos, pero a nivel comunidad autónoma o estado no veo respecto a qué habría que normalizarlo.
      Por último, muy bien lo de seguir dándole vueltas pero entonces yo insisto dado el tema inicial por el que se ha dicho que yo no me explico bien: ¿cómo se supone que puede dar positiva una vacuna? No digo un vacunado que se pueda haber contagiado en otro momento incluso antes de vacunarse. Una vacuna. Si se quiere demostrar una relación entre la vacuna y el positivo, entonces tendría que dar positivo la muestra de una vacuna y eso para mi (aunque no sé, quizá soy yo que no sé lo suficiente de estos virus) es imposible.

      1. Correcto, no existe correlación entre la IA y el % de positivos. Ha dado en el clavo. No, no es necesario normalizar los datos, ni referirlos a un valor estipulado y consensuado, pues si, estupendo.

        Pues fíjese desde que este coronavirus irrumpió en nuestras vidas todo han sido malas noticias, cuando se ha tratado de seguir las pautas para tratarlo o erradicarlo basándonos en el conocimiento de otros virus similares, nada, este virus era o es la mejor versión existente hasta el momento, parece un supervirus, pero claro al desarrollar una vacuna que no está diseñada para evitar el contagio hemos tenido la suerte de que parece que si lo está evitando, aunque ese no fuera el objetivo primario, ni secundario del estudio. ¡Una buena noticia al fin! La suerte está de nuestro lado.

        No digo que la vacuna sea la causante de los contagios en las residencias (porque no lo sé), de hecho fue la pregunta inicial que originó todo este hilo y agradezco su explicación al respecto, pero bueno sin ser científico, al observar determinados eventos como este, creo que a mi y a más personas nos resulta curioso que en muchos centros no ha habido noticia de contagios hasta la administración de la «vacuna». Bueno como se suele decir, «será casualidad».

        Como he mencionado todo el hilo ha surgido por un tema en el que dije que no iba a entrar porque no era el tema que quería conocer, sin embargo usted entró en ese tema (los genes que la OMS decía que se deberían buscar). No lo digo yo, lo dice la propia OMS en sus escritos. Los que se deben analizar, los que no y como varían dependiendo de sus gustos y como se levante ese día.

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